最容易引起肠道感染的原因包括食用大量的糖分，患有消化不良或者长期服用抗生素。人的肠道里有大约300多种不同的细菌，它们中的大多数都是人体必需的。它们保护大家不受有害的细菌、病毒及其他危险有机体的侵害。抗生素会杀死体内所有的细菌，不论好坏，所以如果不是必须服用的时候，最好不要选择抗生素药物。如果肠道里有对身体无益的细菌，如生长了过多的白色念珠菌——一种类似酵母菌的有机体——那么，包括水果在内的高糖分饮食，就会恶化这种状况。食用糖类后感觉中毒、昏沉、胀气，这些都预示着可能出现机体失衡。同样道理，因为酵母可以使糖发酵变成酒精，所以，可以通过在食用糖类前后分别测量人体血液中酒精含量的变化，检查体内是否存在类似酵母菌的有机体。
很多自然疗法对治疗肠道感染很有效。从可可豆中提炼出来的羊脂酸是一种可以抵御真菌的物质。柚子提取汁不仅可以抵御真菌，还能够抵御病毒及细菌，但是它不能清除所有的主要类型的细菌。尽管如此最好还是不要在进餐的时候服用。另一种方法被称为益生素。它的目的是增强肠道中有益菌的力量。这种方法只需在短期内(如一个月)服用增补剂就可以达到目的。考虑到细菌非常脆弱，所以最好是选择一些高质量而又含有嗜酸性的以及双歧状细菌的增补剂。一些益生素增补剂是由肠道中的细菌培养出的，如嗜酸性唾液菌以及婴儿双歧杆菌。
